本漫画主角(赤脚阿元)与父母,胞姊,胞弟同住广岛市,他们爱好和平,但是无辜受到小男孩之害。
1945年(昭和20年)8月6日,美军以原子弹轰炸广岛,当时居住在原爆中心附近的阿元一家,两名男孩因到学校上学而避过一劫,阿元的母亲与胞姊死于原子弹的高温下,父亲则下落不明。
《赤脚阿元》是一部自传作品，漫画中有许多情节都来自中泽启治的实际经验，不过也有与实际经验不同的部分。例如原子弹投下时，阿元是小学二年级，而中泽启治经历当时为小学一年级；而原爆发生后，中泽本身并没有亲自目睹父亲、姐姐和弟弟的死（而是听当时在场的母亲转述）；此外，中泽启治也没有亲眼见证母亲的死（不像漫画中是在战后不久过世，而是战后20年后，中泽启治当时人在东京）等等。
不过母亲火葬时没有留下遗骨这件事，不仅是真实发生的情节，也是个重要的契机，让中泽启治决定动笔画下以广岛原爆为主题的漫画。
故事后期则描写终战好几年后的战后情况，内容除了对昭和天皇、美军及美国、警察预备队（后来的陆上自卫队）等等进行批判，也相当着墨于原爆日后留下的伤痕。
基于一些时代考证的错误或极左派的主张，确实有对本作内容、表现手法等抱持其他意见的..
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